Srednji tok Dunava i ušće Drave u Dunav čine jednu prirodnu celinu. Ona je danas izdeljena na tri države. Ukupna površina ovih područija je oko 78000 ha i po mnogima ova oblast predstavlja najlepši deo srednjeg toka Dunava, koja je pored izuzetnog prirodnog značaja ima veliki kulturno-istorijski značaj za narode sa prostora Panonske nizije. Zbog činjenice da je ova oblast razdeljena u tri države od izuzetnog značaja je prekogranična saradnja između sve tri države, radi usklađivanja mera i propisa koje su vezane za zaštitu ovog područija i vrsta koje tu žive.
Teritorijalno najprostranije područije se nalazi na prostoru Republike Mađarske i naziva se Nacionalni Park "Dunav-Drava". Nacionalni park se prostire na 50,441 ha, dok se u ovoj prirodnoj celini, odnosno oblasti od Tolne do srpske granice nalazi oko 35000 ha, koji obuhvataju uski pojas oko Dunava kao i neke bitne oblasti u blizini Dunava, koje predstavljaju stanište za mnoge vrste. Prostrano plavno područije duž srednjeg toka Dunava naziva se "Gemenc-Beda Karapandža". Za ovaj prostor su karakteristične velike plavne šume i močvare koje predstavljaju stanište za više od 110 vrsta ptica uključujući čaplje, kolonije kormorana i brojne populacije vodomara. Ovo područije naseljava najveća populacija crne rode u Mađarskoj. Status Nacionalnog parka ova oblast je dobila 1996. godine. Cilj mađarskih25 vlasti je bio da zaštite prirodne lepote ove oblasti, živi svet koji obuhvata jedinstvenu fluoru i faunu, a ujedno i mnoge zaštićene vrste žive samo na ovom područiju.Za ovaj prostor su karakteristične velike plavne šume i močvare koje su plavne većim delom godine, a posebno u proleće.
Druga teritorijalna celina po površini je Park prirode "Kopački Rit". Ovaj prostor obuhvata donji tok Drave, ušće Drave u Dunav, kao i gornji tok Dunava u Hrvatskoj, koji razdavaja Srbiju od Hrvatske, a ujedno i Baranju od Bačke. Prostire se na 23,126 ha. Za park prirode je proglašen 1967. godine. Stanište je najbolje očuvane i najveće šume vrbe u slivu Dunava. Važno je spomenuti da je Kopački Rit poplavljen skoro tri meseca godišnje, a posebno u aprilu i maju. Na ovom prostoru je identifikovano oko 300 vrsta ptica uključujući i 50 parova orla belorepana koji je i začtićena vrsta. Ova oblast je bitna i kao druga najznačajnija oblast za mrešćenje ribe u Evropi posle delte Dunava. Ovo područije je 1993. godine uvršćena na listu najznačajnijih močvara na svetu. Kopaški rit je bio nominovan i za uvršćenje na UNESKO spisak Svetske prirodne baštine.
Gornje podunavlje je treća celina po površini. Nalazi se na krajnjem severo-zapadu Vojvodine i obuhvata plavni pojas Dunava; od granice sa Mađarskom do Bogojeva u dužini od 64 km i prostire se na 19,605 ha. Nalazi se na nadmorskoj visini od 80m do 88m sa izraženim mikroreljefom. Najveću površinu ovog rezervata obuhvataju ritske šume koje su tokom većine godine plavne. Specijalni rezervat prirode "Gornje podunavlje", je oformljen 1989. godine. Takođe 1989. godine ovo područije je proglašeno za međunarodno značajno stanište ptica. Ovo područije, se nalazi na spisku potencijalnih važnih područija za upis na listu Ramarske konvencije. Na područiju Gornjeg podunavlja se pored Dunava nalazi i veliki broj kanala, mrtvih tokova Dunava i dunavskih rukavaca. Ova oblast je izuzetno pogodna zaa ribolov, a glavne ribolovne vrste su som, bucov, šaran, smuđ i bela riba.