Kapitalnu vrednost Gornjeg Podunavlja definitivno čini njegova fauna, koja je razlog zašto je ovo mesto jedno od veoma važnih mesta Evropskog biodiverziteta. U početku ovo mesto je bilo zaštićeno zato jer ovo područje predstavlja jedno od veoma značajnih staništa orla belorepana i crne rode, a one su veoma retke i ugrožene vrste, a ovde se nalaze u velikom broju. Ali naravno ovo su samo dve vrste od oko dvesta vrsta ptica koje nastanjuju Gornje Podunavlje. Kada su nestala velika močvarna područja u Panonskoj niziji, ova teritorija je postala jedna od najznačjnijih mesta za okupljanje velikog broja ptica orla belorepana, divlje patke, divlje guske, crne rode, velikog vranca i nekoliko vrsta galebova, vodomara i čaplji. Jedano od najimpresivnijih dešavanja jesu kolonije čaplji koje se okupljaju u blizini Bezdana, radi gnežđenja. Ova teritorija je veoma značajna za ptice, jer se one tu privremeno odmaraju i hrane dok putuju od severnih ka južnim predelima.
Ovo područje je takođe poznato kao prirodno mrestilište riba, a najznačajniji predeo Gornjeg podunavlja jeste njegov južni deo, Apatinski rit. Ovo mesto obiluje velikim brojem plitkih i toplih rukavaca Dunava, koji su obrasli vegetacijom, a to pogoduje mrešćenju riba. Zahvaljujući ihtiofauna ovog mesta danas broji izuzetno velik broj vrsta riba kao što su: štuka, šaran, jaz, linjak, deverika, som. Ovde se takođe nalze mnoge druge vrste riba, od od kojih je 16 nalazi na Crvenoj listi zaštite. Šest vrsta riba predstavljaju retke vrste, a to su: čikov, balavac, veliki i mali vretenar, gvačica, banatska krkuša. Ali nekontrolisan ribolov i neposvećivanje dovoljno pažnje na zaštitu životne sredine i na uzgoj tih riba dovelo je do toga da ova područja postanu desetkovana.
Ovo područje nastanjuju i krupne divljači kao što su jelen, čija je populacija na ovom mestu najbrojnija u Evropi. Oni predstavljaju jednog od najatraktivnijih predstavnika evropske faune koji veoma dobro opstaje na ovim prostorima, a zbog istrebljenja njihovog prirodnog neprijatelja vuka, njihova populacija se znatno povećala. Pored jelena, ovde se nalaze još oko pedeset vrsta sisara kao što su divlje svinje, lisice, kune belice, kune zlatice, lasice, divlje mačke, jazavci i mnoge druge životinje. Velika raznovrsnost životinjskog sveta Gornjeg Podunavlja, odlikuje se mnogobrojnim leptirima (kojih je zabeleženo oko šestdeset vrsta), mnogobrojnim ribama (kojih ima oko pedeset i pet vrsta), vodozemcima (kojih ima oko jedanaest poznatih vrsta). Takođe raznovrsnosti doprinose velik broj ptica (oko dve stotine i trideset vrsta) i sisara (oko pedeset vrsta).